/usr/ports/UPDATING を確認してみたところ、アップグレードの手順が記載されていました。この手順に沿ってアップグレードしてみました。
ただ手順の事例としては perl 5.12 からのアップグレード方法なので、perl 5.14 からに適合するように変更する必要があるので注意が必要です。以下はアップグレードを行った時の様子をメモしたものです。
portupgrade と portmaster による方法が記載されていましたが、いつもの portupgrade でアップグレードを行いました。
0) Fix pkgdb.db (for safety):
# pkgdb -Ff
（時間が掛かるので省略しました。）
1) Reinstall new version of Perl (5.16):
# env DISABLE_CONFLICTS=1 portupgrade -o lang/perl5.16 -f perl-5.14.\*
（perl-5.14 の部分が書き直したところです。）
2) Reinstall everything that depends on Perl:
# portupgrade -fr perl
（perl に関連する ports も一斉にリビルドして依存関係の問題を解消しました。）
最後にバージョンを確認しました。
# perl -v
This is perl 5, version 16, subversion 0 (v5.16.0) built for i386-freebsd-64int
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