FreeBSD で ports のライブラリを発見できずに更新が不良になる件

ここ一週間ほどの間、どうした訳か ports で更新のあったソフトウェアを portmaster または portupgrade で更新をしようとしたところ、存在するはずのライブラリ（***.so など）が見つけられない（not found）という理由で更新が停止していました。それも特定のライブラリだけでなく、複数のライブラリにおいて発見できないとされてしまいました。
以下は一つの事例です。

===>   courier-unicode-1.3 depends on file: /usr/local/bin/perl5.20.2 - found
===>   courier-unicode-1.3 depends on shared library: libiconv.so - not found
===>   courier-unicode-1.3 depends on shared library: libiconv.so - not found
*** [lib-depends] Error code 1

Stop in /usr/ports/devel/courier-unicode.

ネット上を検索してみたところ、次のフォーラムでヒントが見つかりました。

libiconv.so not found, but it's there | The FreeBSD Forums
https://forums.freebsd.org/threads/libiconv-so-not-found-but-its-there.51761/

どうも "/usr/share/misc/magic.mime.mgc" がエラーの原因のようです。上記の掲示板では削除するように記載されていましたが、念の為、ファイル名の変更して portmaster で ports の更新を行ったところ、ライブラリを発見できないという理由で portmaster が停止することが無くなりました。これを確認した後、ファイル名を変更処置した "/usr/share/misc/magic.mime.mgc" を削除しました。

# rm /usr/share/misc/magic.mime.mgc